W 1991 r. po przeniesieniu Wydziału Nauk Ekonomicznych do nowego budynku w miasteczku uniwersyteckim na Bielanach, całe skrzydło gmachu przejął Instytut Historii i Archiwistyki, a od września 1993 r. Wydział Nauk Historycznych UMK. Znajdowały się w nim wszystkie (poza Instytutem Archeologii) jednostki Wydziału Nauk Historycznych z dziekanatem i biblioteką. W lipcu 2008 r. Uniwersytet odsprzedał to skrzydło Urzędowi Marszałkowskiemu Województwa Kujawsko-Pomorskiego, który w ten sposób przejął cały obiekt. Z końcem września 2009 r. Wydział Nauk Historycznych opuścił swoją siedzibę przy Placu Teatralnym 2a zajmowaną od 1965 r. Pieniądze ze sprzedaży obiektu przeznaczono na sfinansowanie budowy Collegium Humanisticum na Bielanach. Do czasu wybudowania nowej siedziby historyków umieszczono w budynku Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi UMK przy ul. J. Gagarina 9 (dziekanat, sala wydziału i niektóre zakłady) oraz w bursie Gimnazjum Akademickiego (zakłady i pracownie). Bibliotekę wydziałową przeniesiono do Biblioteki Głównej UMK.
W latach 1993-1994 w budynku Collegium Novum (p. 402) działało także Biuro Zawodowej Promocji Studentów i Absolwentów (Biuro Karier UMK).
