Prace nad powołaniem Gimnazjum Akademickiego rozpoczęły się w 1993 r., jednak kamień węgielny pod budynek dla szkoły wmurowano dopiero 13 maja 1996 r. Projektu architektoniczny inż. Izabeli Boczar-Jagusz zakładał budowę kompleksu połączonych ze sobą obiektów z basenem i internatem oraz terenem rekreacyjnym (boiska do siatkówki, koszykówki, kort tenisowy). Gimnazjum zaczęło działalność 1 września 1998 r. Od stycznia 1999 na mocy porozumienia z Ministerstwem Edukacji Narodowej szkoła przeszła pod zarząd UMK. Przy szkole znajduje się bursa dla uczniów spoza Torunia oraz Hotel Uniwersytecki wybudowane w latach 1999–2001. Część budynku przeznaczoną na internat dla uczniów gimnazjum przekazano do użytku już w grudniu 2000 r. Pozostałą ukończono w końcu 2001 r. W latach 1998-2008 w pomieszczeniach Gimnazjum działał Ośrodek Alliance Française przy UMK.
