Pod koniec czerwca 2001 r. Uniwersytet kupił nowy budynek wraz z parkingiem i pomieszczeniami portierni położone na terenie dawnego ośrodka obliczeniowego toruńskiej Przędzalni Czesankowej „Merinotex”. Nowy, dwukondygnacyjny gmach, po remoncie, zajął w październiku 2002 r. Instytut Archeologii i Etnologii UMK (od 2003 Instytut Archeologii). W nowej siedzibie archeologów znajdują się dwie duże i nowocześnie wyposażone sale wykładowe na 150 i 83 osób, sześć mniejszych pomieszczeń na sale seminaryjne i ćwiczeniowe, pomieszczenia dla pracowników oraz funkcjonalna biblioteka z magazynem książek. W 2004 r. UMK dokupił na terenie dawnego „Merinotexu” nową nieruchomość dla archeologów — budynek, w którym dawniej mieścił się żłobek pracowniczy. W latach 2009-2010 do tych obiektów dobudowano nowe skrzydło, w którym prowadzona jest m. in. konserwacja zabytków architektonicznych. W nowym gmachu obok pracowni konserwacji wyposażonej m. in. w specjalistyczne wanny, komorę próżniową do drewna, znajdują się także magazyny zabytków, w których zgromadzono ponad 2 miliony źródeł archeologicznych, oraz garaże. Wkrótce po oddaniu budynku uruchomiono w nim Gabinet Zabytków. W gablotach i na stołach ze szklanymi blatami znajdują się eksponaty od czasów najdawniejszych po nowożytne. W sali odbywają się także zajęcia dla studentów oraz organizowane są wycieczki dla młodzieży szkolnej.
