Już w końcu września 1945 r. Uniwersytet otrzymał do dyspozycji, w stanie surowym, trzykondygnacyjny gmach projektowany jeszcze przed wojną na siedzibę Muzeum Ziemi Pomorskiej im. Józefa Piłsudskiego, w którym oprócz sal ekspozycyjnych i pięciokondygnacyjnego magazynu miało znajdować się archiwum i biblioteka. Wybuch wojny uniemożliwił dokończenie rozpoczętej w 1936 r. budowy. W latach wojny Niemcy prowizorycznie wykończyli budynek i umieścili w nim szkołę techniczną. Po wyzwoleniu armia sowiecka zamieniła gmach na lazaret. Opróżniony w początkach 1946 r. gmach przy ul. Chopina miał początkowo pomieścić zakłady matematyki i chemii oraz mieszkania dla pracowników UMK. Jednak już w marcu tr. zdecydowano, że budynek przeznaczony zostanie na Bibliotekę Uniwersytecką, która od prawie roku działała, wspólnie z Książnicą Miejską, w gmachu TNT przy ul. Wysokiej 16. Po nieudanej próbie adaptacji na cele biblioteczne obiektu przy ul. Grudziądzkiej i pomieszczeń Ratusza Staromiejskiego, rektor prof. Ludwik Kolankowski uzyskał od władz miasta zgodę na zajęcie niedokończonego gmachu przy ul. Chopina.
Remont budynku dla biblioteki rozpoczął się w marcu i trwał do końca 1946 r. Kontrolujący plac budowy 30 kwietnia 1946 r. prof. Zygmunt Czerny, zauważył bałagan i zniszczenia, sugerując: „żeby zapobiec dalszemu rozgrabianiu budynku, nie widzę innej rady, jak przenieść do budynku, pewną ilość urzędników Biblioteki Uniwersyteckiej. W tym celu należy doprowadzić do stanu mieszkalnego II piętro, któremu bardzo niewiele brakuje i umieścić jedno biuro biblioteczne, urządzić cały magazyn książek zwożonych obecnie, a również czytelnię bieżących czasopism”. Po przebudowie obiekt dostosowano dla potrzeb biblioteki uniwersyteckiej. Od połowy grudnia 1946 do końca marca 1947 r. trwała przeprowadzka zbiorów do nowego gmachu.
Bibliotekę Uniwersytecką uroczyście otwarto 10 maja 1947 r. W budynku znajdowały się dwie czytelnie, pięć magazynów, 68 pokoi zakładowych i sześć gospodarczych oraz cztery mieszkania służbowe o dziewięciu pokojach (jedno z mieszkań zajmowali państwo Baranowscy). W latach 1954-1956 w bibliotece działał Gabinet marksizmu-leninizmu. Na przełomie lat 50. i 60 uruchomiono pracownie: mikrofilmową, kserograficzną i konserwatorską z komorę próżniowo-gazową.
Ze względu na powiększające się zbiory już w połowie lat 50. poruszane były kwestie dotyczące rozbudowy gmachu uniwersyteckiej książnicy. W końcu lat 50. i początku 60. XX wieku planowano zbudowanie, na zapleczu istniejącego budynku przy ulicach A. Fredry i Z. Krasińskiego, dodatkowych magazynów. Ostatecznie zamierzeń tych, z różnych względów, nie udało się zrealizować, ale w 1961 r., dzięki inicjatywie dyrekcji biblioteki, uczelnia otrzymała od miasta budynek Starego Młyna przy ul. Przedzamcze 6a, który przeznaczono na magazyn.
W krótkim czasie po powstaniu biblioteka stała się centralnym księgozbiorem naukowym na Pomorzu prowadzącym m. in. działalność naukową, popularyzatorską, dydaktyczną. W gmachu przy ul. F. Chopina funkcjonowała do 25 marcu 1973 r., kiedy rozpoczęto przeprowadzkę jej zbiorów do nowego budynku w miasteczku uniwersyteckim na Bielanach.
