Starania o koszary im. J. Piłsudskiego władze UMK podjęły w początkach 1947 r. Już w październiku tr. Zarząd Miasta wydzierżawił część budynków Uniwersytetowi pod warunkiem doprowadzenia ich do stanu użyteczności oraz zwrot organizacjom społecznym gmachu położonego przy ul. A. Mickiewicza 2. Cały kompleks składał się z kilku obiektów położonych w obrębie ulic: Jagiellońskiej, Wały, Dobrzyńskiej oraz Placu św. Katarzyny, które miały być przeznaczone na bursę akademicką i zakłady naukowe uczelni. W końcu 1947 r. władze uczelni zamierzały przyjąć propozycję prezydenta Torunia Władysława Dobrowolskiego, by na terenie gmachów pokoszarowych utworzyć miasteczko uniwersyteckie. W styczniu 1948 r. trzy obiekty przejęła w użytkowanie Bratnia Pomoc Studentów UMK. W dwóch budynkach przy ul. Jagiellońskiej miały być urządzone internaty: żeński i męski, którymi, w myśl ustaleń komisji rektorskiej i Bratniej Pomocy, mieli zarządzać sami studenci. Ostatecznie bursę umieszczono w jednopiętrowym budynku położonym u zbiegu ulic Jagiellońskiej i Grudziądzkiej.
W czerwcu 1949 r. prof. Jerzy Remer zwracał się do władz uczelni z prośbą o przydział, po remoncie, jednego z gmachów powojskowych położonych przy Placu gen. K. Świerczewskiego dla Zakładu Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa z Pracowniami: technologii i technik malarskich, materiałoznawstwa architektonicznego i rzeźbiarskiego, witrażownictwa oraz fotografii dokumentalnej, i przeniesienie ich z suteren Collegium Minus. Ostatecznie Zakład otrzymał pomieszczenia po Wydziale Prawa w Collegium Minus, a w jednym z dawnych magazynów wojskowych na krótko umieszczono Katedrę Rzeźby. Kompleks wojskowy pozostawał w gestii administracji uniwersyteckiej do 30 listopada 1952 r. Jeszcze w październiku 1949 r. jeden z budynków w tym kompleksie położony przy ul. Jagiellońskiej i Wały władze miasta oddały w czasowe użytkowanie Gimnazjum Królowej Jadwigi i Liceum Ogrodniczemu w Toruniu.
W 1947 r. władze wojskowe proponowały UMK także kompleks fortów im. gen. J. Sowińskiego, położonych w obrębie ulic: gen. Józefa Sowińskiego i gen. Józefa Chłopickiego, które były zupełnie nieprzydatne dla potrzeb uczelni.
