W maju 1946 r. Uniwersytet otrzymał budynek, którego budowę wg projektu architekta Zbigniewa Wahla rozpoczęto w 1938 r. z przeznaczeniem na Sąd Apelacyjny i Prokuratorię Generalną. Wybuch wojny we wrześniu 1939 r. przerwał prace. W latach wojny Niemcy adoptowali gmach, w stanie surowym, na cele biurowe. Jeszcze w 1945 r. władze Torunia zdecydowały się na kontynuację prac budowlanych, na podstawie przedwojennych planów, częściowo zburzonego budynku. Po otrzymaniu gmachu władze UMK zamierzały adaptować go dla potrzeb Biblioteki Uniwersyteckiej lub Wydziału Sztuk Pięknych. Po wykonaniu oględzin prof. Stefan Narębski wydał negatywną opinię, w której stwierdził, że „pomieszczenia są zbyt wysokie na magazyny, brak komunikacji pionowej, zbyt wąskie korytarze i zbyt mało światła w pomieszczeniach”. Przebudowanie wnętrz dla potrzeb w/w instytucji uznał za „niekalkulujące się”. Zauważył jednak, że „zużytkowanie budynku dla celów wykładowych nie wymagałoby bardziej radykalnych przeróbek i nie spowodowałoby tym samym znaczniejszych kosztów nieprodukcyjnych”. Najpewniej ta opinia oraz adaptacja obiektu dla potrzeb uniwersyteckich zdecydowała o przekazaniu czterokondygnacyjnego gmachu Wydziałowi Matematyczno-Przyrodniczemu. W latach 1946-1947 udało się wyremontować, położone u zbiegu ulic Grudziądzkiej i Legionów, prawe skrzydło obiektu z przeznaczeniem go na Collegium Chemicum, które „przytuliło” także katedry matematyki, znajdujące się dotąd w Collegium Maius. Pierwsze dwanaście sal dla Zakładów Chemii oddano do użytku już 21 listopada 1946 r. Uroczyste otwarcie i przekazanie całej części Collegium Chemicum odbyło się 12 grudnia 1947 r. W obiekcie znajdowała się sala wykładowa, 56 pokoi zakładowych i sześć gospodarczych oraz dwa mieszkania służbowe o siedmiu pokojach. Już w połowie lat 50. m. in. ze względu na warunki lokalowe, rozważano możliwość rozbudowy gmachu i dobudowanie pawilonu lub skrzydła od ulic: Juliana Nowickiego (ob. Szosa Chełmińska), Grudziądzka, Dekerta i Zjednoczenia (ob. Legionów). W roku 1962 planowano powiększenie Collegium przez przejęcie placu za budynkiem Technikum Mechanicznego (wraz z gmachem szkoły) oraz domu dziecka, czemu sprzeciwiła się Miejska Rada Narodowa. Ponieważ planów tych nie udało się zrealizować w 1965 r. Senat UMK podjął decyzję o budowie nowych budynków dla chemii na osiedlu Bielany. Do roku 1973/1974 w tym skrzydle funkcjonował, przekształcony w 1969 r. z katedr, Instytut Chemii z Wydziału Matematyki, Fizyki i Chemii UMK.
