Wzniesiony na początku XX w., w miejscu dawnej fosy, gmach był w latach 1920-1939 siedzibą Urzędu Wojewódzkiego Pomorskiego. W czasie wojny siedzibą dyrekcji policji i więzieniem (w podziemiach), a po wyzwoleniu w 1945 r. szpitalem wojskowym. Formalnie Uniwersytet otrzymał budynek, od Zarządu Miasta, 23 października, ale mógł go zająć dopiero 18 listopada 1945 r., po wyjściu żołnierzy sowieckich. Zniszczenia w nim były znaczne: brakowało drzwi i okien, a z poddasza, kotłowni i kątów budynku wywieziono „dwadzieścia wozów gnoju i śmiecia”. W międzyczasie obiekt otrzymał nazwę Collegium Maius oraz nowy adres – Fosa Staromiejska 3. Mimo, że remont, prowadzony pod nadzorem inż. Stefana Smolnego, odbywał się zimą już 12 grudnia 1945 r. przeprowadziły się tu, z Domu Studenckiego nr 1, biura uniwersyteckie (rektorat i dziekanaty). Po zagospodarowaniu w głównym skrzydle umieszczono sale wykładowe Wydziału Humanistycznego i częściowo Wydziału Sztuk Pięknych, pokoje seminarium matematycznego i Zakładu Fizyki Doświadczalnej (do 1951), katedry geografii, a w mniejszych salach również pracownie dwóch pierwszych wydziałów. W latach 1948-1972 w różnych pomieszczeniach mieściło się także Archiwum UMK, redakcja „Głosu Uczelni” (1952-1959) oraz Studium Praktycznej Nauki Języków Obcych (1961-1969). W bocznym skrzydle zainstalowano dziekanaty i biura uniwersyteckie. Na drugim piętrze umieszczono Salę Senatu (ob. Sala im. Ludwika Kolankowskiego), w której odbyły się cztery pierwsze inauguracje roku akademickiego (1946-1948), oraz konferencje i promocje doktorskie. W sumie znajdowało się w nim osiem sal wykładowych, 50 lokali seminaryjnych i zakładowych, 26 pokoi biurowych i cztery gospodarcze oraz cztery mieszkania służbowe o siedmiu pokojach. Przy wejściu do gmachu, po lewej stronie, znajdowało się okienko portiera, na półpiętrze, na prawo od schodów umieszczono kiosk z gazetami (ob. mieści się tam księgarnia). W suterenach urządzono m. in. szatnie.
Remont budynku zakończono 10 stycznia 1946 r. jednak sprawa jego własności ciągnęła się do końca lat 40. XX w., ponieważ początkowo władze Torunia uznały, że była to dzierżawa, za którą Uniwersytet miał płacić miesięczny czynsz. W grudniu 1948 r. adiunkt Tadeusz Godziszewski wykonał napis „UNIWERSYTET MIKOŁAJA KOPERNIKA MCMXLV”, który wraz z godłem UMK umieszczono na frontonie Collegium Maius. W 1949 r. z gmachu częściowo wyprowadził się Wydział Sztuk Pięknych, który przeniósł niektóre katedry do Collegium Maximum (Dwór Artusa). Od początku lat 50. przez wiele lat w piwnicach Collegium Maius działał popularny bufet „U Natalii”, mieściła się tam także introligatornia z drukarnią i część magazynów (od 1948).
W 1973 r. po oddaniu budynków administracyjnych w miasteczku uniwersyteckim na Bielanach, w Collegium Maius pozostał Wydział Humanistyczny, dziekanaty: Wydziału Prawa i Administracji (do 1981) i Matematyki, Fizyki i Chemii (do 1977), Wydawnictwo UMK (od 1967) oraz Zakład Poligrafii (1976-2008).
